Die frühgotische Kirche, dem heiligen Rupert geweiht, wurde urkundlich erstmals 1359 als Filiale von Altenmarkt erwähnt. Wahrscheinlich ist, dass die Kirche bereits früher (Vorromanik) errichtet wurde.
1486 kam die Erhebung zur Vikariatskirche und 1857 zur Pfarrkirche. Erweiterungsbauten wurden 1425 und 1711 durchgeführt. 1895/96 erfolgte eine Regotisierung der Innenausstattung. Im Laufe der Jahre kam es immer wieder zu Umbau- und Renovierungsarbeiten, bis zur bisher letzten umfassenden Renovierung 1996-1999. Da wurde das 1711 errichtete barocke Seitenschiff in einen neuen Erweiterungsbau miteinbezogen, eine Trockenlegung der Fundamente durchgeführt, das Dach neu gedeckt, der restaurierte gotische Altar aus 1896 wieder aufgestellt, die Orgel wegen ihres schlechten Zustandes abgebaut.
2006 konnte die „Neue Joseph Mohr Gedächtnisorgel“, vornehmlich aus Spenden der Bevölkerung finanziert, eingebaut werden.
Alle Stilperioden haben ihre Spuren hinterlassen, der Raumeindruck wird jedoch geprägt von gotischen Raumelementen. Besondere Einzelheiten: im alten Teil handbehauener Marmorboden (Adneter Marmor), Krippenrelief von Jakob Adlhart (1951), Strahlenmadonna aus der Vorpacherzeit (Mitte 14. Jhdt.) am Hauptaltar.
Wandbild Ernst Huber
Prof. Ernst Huber, der bekannte österreichische MaIer (1895-1960) lebte nach dem zweiten Weltkrieg einige Zeit hier in Wagrain. Das Wandgemälde zeigt die Wagrainer Landschaft.